除此之外，马克西米利安一世的女儿，前阿斯图里亚斯亲王妃和前萨伏伊公爵夫人奥地利的玛格丽特开始在意大利活动，宣扬威尼斯的威胁并以她的个人魅力拉拢支持者，对此感到威胁的威尼斯曾经试图通过向教皇归还部分市镇以寻求和解，尤里乌斯二世慨然笑纳，但并没有做出缓解威尼斯焦虑的实质举动。
见此困境，威尼斯曾经试图向英格兰求助，但亨利七世再度重申了支持教皇的立场，这令尤里乌斯二世感到满意，他批准了克里斯托弗·班布里奇的枢机主教任命。8月，尤里乌斯二世正式对威尼斯颁布集体绝罚令，宣称“若不使你们成为原本那样的卑贱渔民，我绝不会罢休”，对此，威尼斯使节的回应是“神父，若您不自检点，我们能更容易让您成为一个小小的教士”，但行动上，他们仍积极备战，他们清楚此次的危机不同以往。
1507年2月，路易十二正式率军南下，于次月强渡阿达河，在阿尼亚德洛地区大败威尼斯，一扫昔年狼狈撤离那不勒斯时的颓势，同时马克西米利安一世也率领帝国军队进驻曾被威尼斯侵吞的布雷西亚，威尼斯一时四面楚歌。而就在这个时候，马克西米利安一世的儿子，胡安娜女王的丈夫，卡斯蒂利亚国王兼勃艮第公爵腓力一世，在一次宴会后突发肠道疾病而死，死神的利爪平等地掐在每一个他想要带走的灵魂的脖颈上，他身为国王与公爵也没有什么不同。
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国王已经去世，而女王不肯让国王下葬，她甚至不相信国王已死。
她守在他的病床边，亲眼看着他在哀嚎中停止呼吸，他那美丽强健的躯体很快也会变得苍白僵硬，而她的灵魂似乎也被抽走了。她闭门不出，不理会正急迫地希望她出面主持大局的卡斯蒂利亚人，而腓力一世去世后王国里甚至没有一位能够帮助她决策的近亲。在这样的局面下，深受伊莎贝拉女王信任的托莱多大主教西斯内罗斯不得不为王国的未来打算了。
他再次回想起女王的遗嘱，深刻共情了女王的忧虑，并自认为了解了女王的用意：女人不能统治国家，哪怕是伊莎贝拉女王的女儿，或许女王的英明也是依赖丈夫的缘故，正因为深刻认识到了这一点，女王才会赋予丈夫在女儿被证实无力统治国家时摄政的权利，他毕竟是女王的父亲，他总比那群佛兰德斯人好，想起腓力一世那群侍从他便感到一阵头痛。
虽然斐迪南二世违背誓言再婚，但他毕竟还没有生下儿子，即便生下儿子，胡安娜女王也有女儿或孙女可以与之联姻，伊莎贝拉女王的血脉总是可以在卡斯蒂利亚和阿拉贡的王座上流传下去的。
当踞守那不勒斯的斐迪南二世收到托莱多大主教的信后，他终于露出满意的笑容：如果他执意留在卡斯蒂利亚争夺摄政权，那他再娶的事实会被反复提及，由此更无夺取摄政权的资本，倒不如让胡安娜和腓力在卡斯蒂利亚胡作非为，如他所料，胡安娜果然会把一切都搞砸的。
当伊莎贝拉最信任的忠臣都开始不相信胡安娜的统治能力后，他也到了可以回归卡斯蒂利亚的时候了。“胡安娜。”回到卡斯蒂利亚后，他立刻去见他的女儿，胡安娜女王披着黑纱，腹部已经高高隆起，她已经怀孕八个月了，看到父亲，她先是一阵茫然，而后立刻激动地跪在父亲脚下抓住他的衣摆，“啊，父亲，我很想念您......”
“我也很想念你，胡安娜，若不是害怕和腓力争执，我也不会选择离开卡斯蒂利亚。”斐迪南二世同样激动不已道，“为了你腹中的儿子，你不应该再无休止地守丧了。”
“那是我的女儿，她叫凯瑟琳，我答应了凯瑟琳会亲自抚养的女儿。”
“那就叫她凯瑟琳。”斐迪南二世不以为意，他也并不希望多一个由胡安娜所生的儿子来威胁他和热尔梅娜未出生的儿子，他转而继续循循善诱道，“让腓力下葬吧，胡安娜，就在格拉纳达，他是卡斯蒂利亚国王，他应该安葬在最荣耀的地方，相信他父亲对这个安排也会很满意的。”
“如果腓力下葬了，他们会继续要求我执行女王的权力，父亲，我做不到，我什么都做不到。”胡安娜女王喃喃道，她忽然又开始哭泣道，“我不知道该怎么做，腓力说他是对的，他应该给他的朋友奖励以让他们帮助我们统治卡斯蒂利亚，他死了，托莱多大主教又说他是错的，应该让一切都回到母亲在世时的样子，父亲，我该怎么做，等腓力的葬礼结束后我就必须做出决定了......”
原来她不让腓力下葬也有拖延执政时间的原因，他还以为她真的疯到要与尸体为伴呢。“你母亲是对的，当腓力死后，他的朋友们也不能再帮助你进行统治了，他们应该回佛兰德斯，就像我回到阿拉贡一样。”他放柔语气道，“如果你认为你承担不了女王的责任，不如回到原来的生活中去吧，你可以弹琴，跳舞，抚养你的女儿，安静地思念伊莎贝拉和腓力，如果担心你的统治会带来灾难，不如一开始就不要尝试去统治。”他加重了语气，“这也是你母亲的愿望，她在临终前一直希望你能够完成的愿望，若你不能执行统治者的责任，就将责任交托给适合的人。”
适合的人，适合的人，除了眼前的父亲，她还有什么可以信任的人......“请替我承担这样的责任吧，父亲。”她又啜泣道，而斐迪南二世像一个真正的慈父一样抚摸着她的头发和背脊，他终于心满意足了。
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尽管腓力一世的去世令他的妻子难以接受（乃至陷入疯癫），他的父亲和妹妹也为之悲痛，但在外界看来，他巧合的死亡意味着卡斯蒂利亚的摄政权之争尘埃落定，他还有两个儿子，他们都很健康，在斐迪南二世和他的法国妻子生下健康的儿子前，斐迪南二世、路易十二世和马克西米利安一世之间的微妙平衡仍可持续，哈布斯堡家族仍可在未来入主西班牙，只是他们需要等待得更久。
而对威尼斯来说，腓力一世的去世同样不是一个好消息，长期一来，他们认定欧陆各个强国因其内部龌龊无法联合，因此他们肆无忌惮地扩张土地、侵吞利益，而不在意可能招致的报复，西班牙内部矛盾的暂时弥合意味着他们又失去了一个可以分化联盟的机会，只是他们看上去也并无什么挣扎余地了。
依仗前期的胜利，许多仍在观望的公国也加入了联盟，费拉拉公爵便是其中之一，他们同样是威尼斯扩张行为的受害者，然而就在联盟如火如荼的时候，路易十二世治下的热那亚爆发起义，他果断亲自率兵镇压，这一行为激起了尤里乌斯二世的强烈反应，他回到罗马，试图带领教皇卫队帮助自己的故乡摆脱法国人的控制，得知他的行为，再度从意大利收获信心的路易十二世不屑一顾：“亲爱的圣座，我希望您能明白，若您忘记您作为众门徒的代表主持正义的责任而只顾及您身为热那亚人的身份，或许我应该协助您移驾阿维农。”
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